Pirovac se prvi put spominje 1298. pod nazivom Zlosela (Pirovac od 1921.), kao malo naselje od svega sedam kuća i 68 žitelja, kada je pripadao bribirskim knezovima Šubićima, a kasnije postaje posjedom šibenske biskupije i šibenskog plemstva. U ranomu srednjem vijeku je posjed bribirskih knezova Šubića.
Mjesto Pirovac nastalo je u 15. stoljeću naseljavanjem izbjeglica pred turskom najezdom. U XVII. st. dio stanovništva povukao se pred turskom opasnošću na otok Murter. Međutim, ovi prostori bili su naseljeni i mnogo stoljeća ranije, o čemu svjedoče ostaci naselja iz vremena rimskog imperija, pronađeni na otočiću Sv. Stjepana. I brojni drugi povijesni spomenici govore o dinamici naseljavanja i razvoju ovoga mjesta.
U selu je djelomice sačuvan obrambeni zid koji je oko 1505. dao podići Petar Draganić, župna crkva sv. Jurja iz 1506. barokizirana je u XVIII. st. U kapeli obitelji Draganić-Vrančić na groblju gotički sarkofag s reljefom koji su 1447. izradili, prema nacrtu Jurja Dalmatinca, Andrija Budčić iz Šibenika i Lorenzo Pincino iz Venecije. Na otočiću Sveti Stjepan (Sustipanac) ispred sela nađeni su predmeti iz rimskog doba; tu su i ruševine franjevačkog samostana (iz 1511.), koji je napušten 1807.